Filmde olaylar 18. Yüzyıl da Fransa'da geçmektedir. Sefalet, açlık ve pislik içersinde yüzen Paris halkının içersinden alınan kesitlerle başlar olaylar. jean-Baptiste Greenouille bir balık satıcısı kadının oğlu olarak tezgah arkasında çöplerin arasında doğar. Annesi ölü doğumlar konusunda sabıkalı olduğu için onu da ölecek sanarak çöplerin arasına atmışdır. Lakin Jean yaşar ve bir yetimhanede büyür. Güçlü bir koku alma yeteneği olduğunu çok geçmeden farkeder. Gençlik döneminde tabakhanede çalışmaya başlayan Jean, şehire indiği günlerden birinde güzel bir genç kızın kokusunun büyüsüne kapılır ve onu takip eder. Bir süre sonra kıza ulaştığında kız korkar ve çığlık atar. Çevrenin onu duymasından endişelenen Jean da panik içinde onun ağzını elleriye kapar. Ne var ki bu durum kızın boğularak ölmesine yol açar. Jean burada kızın her yerini koklayarak güzelliğin ve ölümün kokusunu içine sindirir. Paris'in o dönemki parfüm endüstrisi liderlerinden Giuseppe Baldini diğer üreticilerle rekabet içindedir. Jean onun dükkânını görmüş ve bu koku imparatorluğuna hayran kalmıştır. Bir gün tabaklanmış derileri Baldini'ye getiren Jean ona Paris'in en iyi burnunun kendisi olduğunu söyler. Baldini önce inanmaz ancak Jean rakip üreticinin mamulünü kısa bir sürede üretince şaşırır. Bir süre sonra da Jean ona mükemmel kokular üreterek yanında çalışmaya başlar. Ancak Jean'ın artık bir hedefi vardır. Herşeyin kokusunu esir edebilmek. Baldini'den bunu ona öğretmesini ister. Güllerden imbiklerle koku üretimini gören Jean her şeyin kokusunu bu sayede çıkarabileceğini düşünür. Lakin işler umduğu gibi gitmez. İmbikte kaynatıp damıtmayı denediği cam ve kedinin kokusunu alamaz. Baldini o sırada ona koku konusunda efsaneyle karışık bilgiler vermiştir. 12 ana kokudan, bunların vereceği hissiyattan ve birleşecekleri 13. koku ile oluşturacakları mükemmeliyetden bahsetmektedir. Bu konuşma Jean'a yeni amacını gösterir. Güzelliğin o kokusunu yakalamak.