Alec Mason'ın Mars kolonilerine özgürlüğünü kazandırmasının üzerinden 25 yıl, düşmanlarının karısını öldürüp kızı Lyra'yı kaçırmasının üzerinden 12 yıl geçti. Alec'in hayatta kalan oğlu Jake Mason ve Red faction milislerinden bir tünellerin altını üstüne getirdikten sonra 25 yılın ardından kaçırılan kız kardeşinin hala hayatta olduğunu öğrenir. Çok güçlü bir düşman gezegen boyunca yayılırken Jake kız kardeşini aramaya koyulur fakat kız kardeşinin düşman tarafına geçip Red Faction ordusunu yok etmek isteyen bir düşman olduğunu fark eder. Şimdi Jake hem bu savaşla mücadele etmeli hem de bir şekilde ailesini yeniden bir araya getirmelidir. Alec Mason'ın oğlu Jake'in kaçırılan kız kardeşini bulma girişimini ve öldürülen annesinin intikamını alma çabasını anlatan film Red Faction Origins oyunundan esinlenilerek yapılmış.