Sonic, ezeli rakibi Robotnik'i yendikten sonra nihayet huzura kavuşacağını düşünse de, işler beklediği gibi gitmez. Çünkü Gölge Projesi olarak adlandırılan süper tehlikeli bir düşman, ordunun elinden kaçar ve kendi uğursuz amaçları için kasabalara saldırmaya başlar. Bu yeni ve korkutucu düşmanın asıl hedefi ise, sahibine sonsuz bir güç kazandırdığı söylenen efsanevi Fleetway Zümrüdü'nü ele geçirmektir. Güce olan arzusu o denli büyük ki, bu yolda karşısına çıkan her şeyi ve herkesi yok etmekten çekinmez. Sonic için bu tehlikeli düşmanı durdurmak bir an önce harekete geçmesi gereken bir görev haline gelir. Zira bu düşmanın kasabaları ve masum insanları tehlikeye atmasına izin veremez. Sonic, hızını ve cesaretini kullanarak bu zorlu mücadelede elinden gelenin en iyisini yapmalı ve düşmanını durdurmalıdır. Heyecan dolu bu film, Sonic'in düşmanlarıyla olan mücadelesini ve kahramanlık hikayesini anlatırken izleyicileri ekran başına kilitleyecek.