Gerçek bir hayat hikâyesini ekranlara getiren Flag Day, babasına hayran olan genç bir kızı ve bu babanın aslında Amerika’nın en büyük kalpazanlarından biri oluşunu anlatmaktadır. Jennifer babasının her şeyine hayrandır. Jennifer’ın babası John kızına dünya hakkında, sevgi ve mutluluk hakkında her şeyi anlatmaktadır ve onu bu ideallerle büyütür. Ancak Jennifer’ın henüz farkına varamadığı şey babasının çok büyük bir dolandırıcı olduğudur. 
Jennifer’ın babası John ona dünyanın güzel olan her şeyini göstermektedir. Sevgi ve huzur içerisinde büyüyen Jennifer için babası her şey demektir, ancak zaman hızla geçmekte ve Jennifer aslında herşeyin babasının gösterdiği gibi olmadığını anlamaya başlamaktadır. Jennifer yavaş yavaş büyümektedir ve babasına sorular da sormaya başlamaktadır. John için en zorlu an kızının ona ne iş yaptığını sorduğu andır. 
John, Amerika’nın en büyük ikinci kalpazanıdır ve zamanında tam 22 milyon dolar sahte para piyasaya sürmüştür. Ancak John sonunda yakalanır ve Jennifer için gerçeklere olan hızlı yolculuğu da başlamış olur. Babasının tutuklanmasının ve babası hakkındaki gerçeklerin ortaya çıkmasından sonra Jennifer, babasına neden diye sorduğunda, babası, benim yerimde olmadığın sürece bunu anlayamazsın, der. Fakat bu cevap Jennifer için yeterli değildir ve Jennifer depresyona girer. 
Ancak Jennifer için zorlu dönem henüz başlamıştır çünkü John hapis hayatına dayanamaz ve hapisten kaçar. Sonrasında filmin en dramatik anlarına geçilecektir. Çünkü bir yandan John polisten kaçarken, diğer yandan da kendisini kızının affetmesini istemektedir. Jennifer babasının neden normal bir iş bulup çalışmak yerine böyle büyük bir suçu işlediğini anlayabilecek midir? John neden hapisten kaçmayı seçmiştir? Jennifer ve John bir daha eskisi gibi özgür ve mutlu bir şekilde baba ve kız olarak bir araya gelebilecekler midir? Normal bir hayat süren ve her şeyin normal olduğunu düşünerek ömrünün çoğunu geçiren Jennifer, babası hakkında gelişen bu ani ve acı dolu zamanı kaldırabilecek midir?